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qPCR曲線(xiàn)常見(jiàn)問(wèn)題有哪些?如何解決?

 更新時(shí)間:2023-09-27 點(diǎn)擊量:3002

在 qPCR 實(shí)驗過(guò)程中,經(jīng)常會(huì )遇到異常擴增曲線(xiàn)和熔解曲線(xiàn)的困擾,那么qPCR曲線(xiàn)常見(jiàn)問(wèn)題有哪些呢?該如何解決呢?讓我們一起來(lái)看看吧!

一、擴增曲線(xiàn)相關(guān)問(wèn)題

1.無(wú)擴增曲線(xiàn)

可能原因:

(1)沒(méi)有打開(kāi)熒光信號采集。檢查程序設置,三步法擴增程序在 72℃ 延伸階段采集信號,兩步法擴增程序的信號采集設置在退火延伸步驟。

(2)引物降解??赏ㄟ^(guò) PAGE 電泳檢驗引物的完整性。

(3)模板濃度低。建議增加模板投入量或重新制備較高濃度模板。

2. 擴增曲線(xiàn)不光滑

可能原因:

(1)儀器長(cháng)時(shí)間未校準,在檢測中出現了波動(dòng),建議定期校準儀器;

(2)RNA 模板不純,建議增大模板稀釋倍數或者重新制備較高純度的 RNA 模板。

3. 擴增曲線(xiàn)平臺期抖動(dòng)

可能原因:儀器與管材不匹配導致的信號采集產(chǎn)生波動(dòng)。

4. 擴增曲線(xiàn)右下方下落呈倒扣狀

可能的原因:模板濃度過(guò)高,基線(xiàn)終點(diǎn)值大于 CT 值,儀器默認起峰位置仍為基線(xiàn)期,將起峰位置往基線(xiàn)下拉,所以擴增曲線(xiàn)變成了倒扣的 S 形(左圖)??蛇m當減小基線(xiàn)范圍,手動(dòng)調整基線(xiàn)終點(diǎn)值至 CT 值 -4,調整基線(xiàn)范圍后,擴增曲線(xiàn)即恢復正常(右圖)。

二、熔解曲線(xiàn)相關(guān)問(wèn)題

1. 有擴增曲線(xiàn)無(wú)溶解曲線(xiàn)

可能原因:檢查是否有設置熔解曲線(xiàn)步驟或熔解曲線(xiàn)信號采集是否打開(kāi)。

2. 熔解曲線(xiàn)雜峰

(1)雜峰在主峰之前

可能的原因:雜峰在主峰之前,Tm 在 70~75℃ 范圍內,一般是引物二聚體。引物二聚體是引物 3’ 端的部分堿基互補結合,在 Taq 酶的作用下,3’ 端延伸后得到的小分子量的雙鏈 DNA 片段??筛鶕?NTC(無(wú)模板陰性對照)判斷是否為引物二聚體。

解決方案:建議通過(guò)提高模板濃度、提高退火溫度、降低引物濃度來(lái)改善。

(2)雜峰在主峰之后

可能的原因:非特異性擴增,可能由于引物特異性較差,或體系中有氣溶膠污染(可結合 NTC 確定體系是否有污染)。建議先提高退火溫度,可提高擴增特異性。如果提高退火溫度對于特異性沒(méi)有改善,建議更換特異性較高的引物。

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