測序,測的是DNA的序列,也就是測定DNA中脫氧核糖核苷酸的排列順序,它是將DNA化學(xué)信號轉變?yōu)橛嬎銠C可處理的數字信號的一個(gè)過(guò)程,我們能從這些經(jīng)過(guò)科學(xué)計算得出的數字信號中找尋到生命之間的奧秘。根據測序技術(shù)出現的時(shí)間以及讀長(cháng)、通量等特征,分為一代測序、二代測序、三代測序。下面的這些測序方法,你知道嗎?讓我們一起來(lái)看看吧!
一、一代測序
一代測序技術(shù),也被稱(chēng)為Sanger測序。其利用了雙脫氧核苷酸會(huì )終止PCR的原理。比如:一條序列為ATCGCTA,我們進(jìn)行3次的雙脫氧核苷酸,第一次加入雙脫氧核苷酸A和正常的ATCG那么我們會(huì )得到下面兩種序列,A、ATCGCTA。那么我們就知道堿基A在序列的第一個(gè)堿基和第7個(gè)堿基。同理運用雙氧核苷酸T和C,就會(huì )得整個(gè)序列的對應堿基的位置BP信息。進(jìn)而得到整條序列的ATCG的序列信息。當然這些都是由儀器進(jìn)行檢測的。一代測序的特點(diǎn):速度快,但是一次只能測一條單一的序列,且最長(cháng)也就能測1000-1500bp。所以被廣泛應用在單序列測序上。簡(jiǎn)單概括就是,一代測序只能測一條長(cháng)度在1000bp左右的序列。廣泛應用于單條序列的突變位點(diǎn)檢測。
二、二代測序
二代測序技術(shù),也被稱(chēng)為高通量測序技術(shù)。它解決了一代測序只能測一條序列的缺陷。隨著(zhù)科研的不斷深入,我們開(kāi)始分析一個(gè)物種或樣本中的所有序列信息,這個(gè)時(shí)候一代測序一次測一條的方式就無(wú)法滿(mǎn)足我們的需求。二代測序技術(shù)就是在這樣的情況下誕生的。之所以稱(chēng)其為高通量測序就是因為它一次能夠同時(shí)測很多的序列。我們通過(guò)物理或是化學(xué)的方式將DNA隨機打斷成無(wú)數的小片段(250-300bp),之后通過(guò)建庫(這里就不深入建庫的原理了)富集了這些DNA片段。接下來(lái)將建完的庫放入測序儀中測序,測序儀中有著(zhù)可以讓DNA片段附著(zhù)的區域,每一個(gè)片段都有獨立的附著(zhù)區域,這樣測序儀可以一次檢測所有附著(zhù)的DNA序列信息。最后通過(guò)生物信息學(xué)分析將小片段拼接成長(cháng)片段。
二代測序特點(diǎn):一次能夠測大量的序列,但是片段被限制在了250-300bp,由于是通過(guò)序列的重疊區域進(jìn)行拼接,所以有些序列可能被測了好多次。由于建庫中利用了PCR富集序列,因此有一些量少的序列可能無(wú)法被大量擴增,造成一些信息的丟失,且PCR中有概率會(huì )引入錯配堿基。所以三代測序就這樣誕生了。
三、三代測序
三代測序其實(shí)就是對二代測序的一個(gè)升級,簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)就是它同樣一次能測好多序列,但是測序的長(cháng)度達到了10kb左右,并且不需要PCR富集序列,直接測序,這就解決了信息的丟失,以及堿基錯配的問(wèn)題。但目前來(lái)說(shuō)三代測序依然有一定的缺陷:三代測序技術(shù)依賴(lài)DNA聚合酶的活性,且成本很高,極大地高于二代測序技術(shù)的錯誤率不過(guò)好在三代的錯誤是wan全隨機發(fā)生的,可以靠覆蓋度來(lái)糾錯(但這要增加測序成本)。
二代測序和三代測序統稱(chēng)為高通量測序,又稱(chēng)“下一代測序"或“深度測序"。
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