細胞是生物學(xué)的基本單位,研究人員正更加努力地嘗試將它們進(jìn)行單個(gè)分離、研究和比較。更大更復雜的人類(lèi)細胞基因組。隨著(zhù)測序成本的大幅度下降,破譯來(lái)自單細胞的30億堿基的基因組并逐個(gè)細胞比較序列正在變?yōu)楝F實(shí)。
目前,最常見(jiàn)的單細胞測序的應用是在腫瘤研究上。來(lái)自美國和英國的研究人員近日利用單細胞基因組擴增、測序和裝配,從海洋樣本中鑒定出一個(gè)單細胞細菌。
單細胞測序方法即single cell sequencing(SNS),能準確定量一個(gè)單細胞核中基因拷貝數目。由于癌細胞中基因組部分被刪除,或者擴增,從而引起關(guān)鍵基因的缺失,或者表達過(guò)量,干擾正常細胞生長(cháng),因此利用這種方法就能分析基因拷貝數目,從而診斷。
單細胞的分離:
單細胞測序的第一步是將目的細胞從樣本中分離出,目前主要的技術(shù)包括梯度稀釋法、顯微操作技術(shù)、熒光激活細胞分選、 微流控技術(shù)和激光捕獲顯微切割。
單個(gè)細胞中的DNA和RNA含量無(wú)法達到測序要求,需要對其進(jìn)行擴增:
目前分為單細胞全基因組擴增和單細胞轉錄組擴增。單細胞全基因組擴增(WGA)是通過(guò)將單個(gè)細胞溶解得到微量基因組 DNA 進(jìn)行高效地擴增,獲得高覆蓋度的單細胞基因。常用的技術(shù)為有多重置換擴增技術(shù)(MDA)。MDA 技術(shù)是在恒溫下利用具有強模板結合的 phi29DNA 聚合酶和六聚物進(jìn)行鏈置換擴增反應。其優(yōu)點(diǎn)是樣本無(wú)需純化,操作簡(jiǎn)單,產(chǎn)生的 DNA 片段長(cháng),錯誤率低,有著(zhù)良好的 DNA 擴增覆蓋效果,缺點(diǎn)是起始模板量低時(shí)擴增偏差性大。